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民国时期中山县政府设有机构管理交通，建国后的中山县人民政府于1959年12月首次成立中山县交通局，此后多次撤销合并直至1972年正式恢复。1984年3月，中山撤县改市后，中山县交通局定名为中山市交通局。1988年9月1日，随中山市升格为地级市，中山市交通局由科级局升格为处级局。
改革开放以来，交通局职能多次调整。1986年12月，中山交通监理所成建制从交通局移交给中山市公安局管理。1990年，广东省中山公路局下放地方，定名为中山市公路局，归口交通局管理。1997年12月，交通局下属的中山市航道管理总站与原粤中航道局中山航道分局合并成立中山航道局，正处级单位，实行省与地方双重领导以省为主的管理体制。2000年，接受交通局管理的中山港务监督与广东省船舶检验局中山分局合并成立“中华人民共和国中山海事局”，直属广东海事局领导。2001年7月17日，中山市公路局成为市政府直属事业单位。2001年11月交通局全面完成59家授权企业、93家独立企业法人单位的改制任务，在全省交通系统率先实现“政企分开”。
2002年8月成立市港航管理局，牌子挂在市交通局，2006年11月，根据市机编委[2006]71号文件，交通局内设执法监督科，加挂“中山市交通局综合行政执法局”牌子，统一行使中山辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政、交通规费稽查等方面的行政执法职责。
2007年8月3日，中山市交通发展集团有限公司正式挂牌成立，全市干线公路的具体建设职责由设在交通局的市交通建设指挥部移交到交通集团。2008年4月30日，市机编委批复同意在市交通局办公室加挂信息科牌子。同意增设市交通局综合行政执法局水上交通检查站和机动大队，副科级建制。
2008年5月8日，市机编委批复同意镇区交管所升格为交通分局，港航所更名为港航分局，其中火炬开发区交通分局为正科级建制，其余23个镇区交通分局为副科级建制。
2010年4月20日，中山市交通运输局挂牌成立，2010年5月，市机编委批复中山市交通运输局内设办公室（挂信息科牌子,与财务审计科合署）、规划建设科、运输管理科、公共交通管理科、车辆技术管理科、港航管理科、安全监督科（挂应急办公室牌子）、人事科（与法制科、纪检监察室合署）8个科室，行政编制34名 |
