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根据《中共海南省委办公厅、海南省政府办公厅关于印发〈海口市人民政府机构改革方案〉的通知》(琼办发[2009]39号)设置海口市交通运输和港航管理局(海口市交通战备办公室)，为主管全市交通运输、港口和农村公路的市政府工作部门。海口市交通战备办公室是海口市国防动员委员会的办事机构，在市交通运输和港航管理局揭牌。
海口最早的交通运输管理机构是1922年海南设有“琼崖全属公路处”，琼山县设有公路局。1924年，公路局改为工务局。1927年，复设公路局，兼管海口公路的修筑及运输事宜，但以前项工作为主。
1926年初，海口镇改为市建制，设海口市政厅，但没有较高级的专管交通运输业机构。1929年9月，海口地区重隶琼山县，海口公路事宜由县建设局管理。1939年2月，日寇占领海口。1942年设日伪海口市政府，但公路事宜仍由日本占领军把持。1945年，日寇投降，次年海口成为琼山县的一个镇，1949年复设市。
1950年4月23日海口解放，6月1日海口市人民政府成立，置工务科，统管全市工交及城建工作。1951年1月撤销工务科，另组海口市建设局，职责范围不变。1955年8月，海南行政公署交通处贯彻当年初广东省交通工作会议的精神，决定海口市及岛内各县建立交通科。市政府于1956年5月设立海口市交通运输管理局。1958年6月，市人委根据上级精简机构的决定，将海口市交通运输局与海口建设局合并，称为海口市城市建设局。1960年中共海口市委、市人委根据上级指示精神，改变交通运输部不适应国民经济发展的形势，2月17日，成立海口市交通运输委员会，撤销海口市交通运输管理局。该委下设办公室、业务管理科、交通邮电管理科。
1961年4月4日，市委决定撤销海口市交通运输委员会，成立交通运输局，隶属广东省交通运输管理厅和海口市人民委员会领导。1962年12月，海口市交通运输局改称海口市交通运输管理局。1968年8月，海口市革命委员会成立。同年11月撤销海口市交通运输管理局，改设市革命委员会属下的办事机构，实行军管，称海口市革命委员会交通运输管理站。1969年，市调整机构时，将海口市革命委员会交通运输管理站改组为“海口市交通阵线革命委员会”。1972年11月，市委批准成立海口市交通局，执行海口市交通战线革命委员会职权，仍设政工组、办事组、生产组等职能部门。1973年9月，海口市革命委员会同意将三个组改为政工科、秘书科、生产计划科。
1984年为适应交通管理体制改革形势，经海口市人民政府批准，将原政工、生产计划、财务三科的职能部门扩编为办公室、生产科、财务科、保卫科、教育科、武装部、团委等七个职能部门。1993年3月改称为海口市交通运输局。1998年6月又更名为海口市交通局。2001年，隶属海口市城建局管理的公共交通职能移交市交通局。2004年7月，海口市区划调整，琼山市交通局合并入海口市交通局。局机关各科室调整，设办公室、人事科、财务科、道路运输科、港航管理科、法规宣传科、规划建设可、战备科一直至2009年11月，改为设置海口市交通运输和港航管理局。
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