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昭通市疾病预防控制中心的前身昭通地区卫生防疫站建于1959年7月。2001年昭通撤地设市更名为昭通市卫生防疫站。2002年经昭通市人民政府批准撤销市卫生防疫站，组建市疾病预防控制中心，并加挂市卫生检验中心牌子。2003年6月13日昭通市疾病预防控制中心挂牌成立。
昭通市疾病预防控制中心是昭通市人民政府实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，具体实施政府对疾病预防控制以及卫生监督执法技术支持的职能，不再承担卫生监督执法职能，是集疾病预防控制、公共卫生监测、卫生检验、卫生信息等为一体的疾病预防控制中心。
一、疾病预防与控制
对影响人群生存的环境卫生质量和生命质量的危险因素进行监测，对各种传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病、职业病、公害病、学生常见病及意外伤害、中毒等进行流行病学监测，并制定预防控制对策，为卫生行政部门决策提供科学依据；拟订并实施疾病预防与控制工作方案，并进行质量和效果评价。
二、监测检验与评价
受卫生行政部门认定，承担卫生监督监测检验、预防性健康检查、健康相关产品的技术审核和卫生质量检验鉴定；对新建、改建和扩建建设项目的选址、设计和竣工验收进行卫生学评价。
三、健康教育与促进
开展健康教育与健康促进，参与社区卫生服务工作，促进社会健康环境的建立和人群健康行为的形成。
四、应用研究与指导
进行应用性科学研究，开发和推广先进技术；负责人员培训技术规范和措施的实施；承担爱国卫生运动中与疾病控制有关的技术指导。
五、技术管理与服务
对传染性疾病的发生、流行和中毒、污染等事件进行调查处理，为救灾防病和重大公共卫生问题提供技术支持；负责预防用生物制品的使用和管理；承担疾病预防控制及有关公共卫生信息的报告、管理和预测预报，向社会提供相关的预防保健信息、健康咨询和预防医学诊疗等专业技术服务。
六、临床诊断与治疗
承担各类传染病、职业病病人的诊断、治疗、康复等医疗服务工作。
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