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原名西双版纳傣族自治州卫生防疫站，始建于1953年7月， 2001年8月，机构改革时更名为“西双版纳州傣族自治州疾病预防控制中心”，同时加挂“西双版纳傣族自治州卫生检验中心”的牌子。中心位居于景洪市嘎兰南路1号。机构级别正处级，属政府举办隶属于西双版纳州卫生局管理，是实施疾病预防控制与公共卫生技术服务的公益性全民事业单位，具体履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、疾病预防控制技术管理与应用研究等职能。2003年通过省级实验室计量认证，2007年艾滋病确认实验室通过国家验收。可承检食品和饮用水的理化、微生物检测；生物样品的病原微生物及病毒学检验；公共场所卫生、医院感染、放射卫生、职业卫生、学校卫生监测和虫媒寄生虫病检测等267项检测项目（食品检测117项、其他检测150项）。2009年10月28日，完成全国流感网络监测实验室的建设工作，能开展甲流H1N1病毒和普通流感病毒的监测工作。目前，中心已取得《实验室计量认证资质》、《职业健康检查资质》、《职业卫生技术服务资质》和《艾滋病确证实验室资质》4个省级资质，成为西双版纳傣族自治州疾病预防控制、公共卫生监测与检验、公共卫生信息管理、健康教育与健康促进和科研培训的业务技术指导中心。
2012年末人员编制为58人，在职职工55人，其中：卫生专业技术人员47人（副高5人，中职21人，初职21人）、其他专业技术人员及工勤人员8人。机构内设慢性传染病防制科、慢性非传染性疾病防制科、疾病预防控制科、检验科、性病.艾滋病防制科、免疫规划科、地方病防制科、寄生虫病防制科、公共卫生科等9个业务科室和中心办公室、质量管理科、后勤管理科3个管理科室。
占地面积4694.2平方米，业务用房面积达3991.19平方米,恒温恒湿实验室面积882.12平方米，其中，二级生物安全实验室(BSL-2)4个（病原微生物实验室、PCR核酸实验室、鼠疫强毒室、艾滋病确认实验室）,面积487.63平方米；拥有全自动微生物检测仪、全自动免疫印迹仪、CT4细胞仪、全自动酶标仪、原子吸收分光光度计、气相色谱仪、高效液相色谱仪、离子色谱仪、万向滴定仪、热释光度仪、原子荧光分光度计、荧光定量PCR仪、凝胶成像仪、台式高速低温离心机、生物安全柜、超低温冰箱、微波消解器等检验、监测设备297台（套），固定资产1700 多万元。
西双版纳傣族自治州疾病预防控制中心自成立以来，在州委、州政府和州卫生局党组的领导下，在上级业务部门的指导下，深入贯彻“预防为主”的卫生工作方针，认真履行公共卫生服务职责，坚持“重点地区、重点防制，重点疾病、重点预防，重点人群、重点保护”的原则，积极开展疾病预防控制工作，成立10年来历经了非典、禽流感等重大疫情的考验；全州各种法定传染病发病率明显下降，并成功处置了辖区内鼠间鼠疫、疟疾、乙型脑炎、麻疹、狂犬病和食物中毒等多起突发公共卫生事件，突发公共卫生事件得到有效控制。
10年来荣获西双版纳州科技进步奖4项。职工在国家级刊物上发表学术论文26编，其中，荣获云南省预防医学会第四届优秀科技论文奖4篇。先后荣获云南省委、省政府授予的“全省非典型肺炎防治工作先进集体”和“2005-2007年防治艾滋病三年人民战争先进集体” ；云南省卫生厅、省教育厅、省妇联、省残联等授予的“2005-2010年全省疟疾防治工作先进集体”、“云南省麻风病防治工作先进集体”等省级表彰10项；荣获云南省预防医学会、云南省疾控中心“云南省首届疾病预防控制机构实验室检验知识和技能竞赛三等奖” ；州委州人民政府授予的“传染性非典型肺炎防治
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